8 listopada 2021
Dwudziestego drugiego października min. Czarnek uczestniczył online w Konferencji Prorektorów ds. Nauki Uczelni Przyrodniczych i Rolniczych na Uniwersytecie Przyrodniczym w Lublinie z udziałem przedstawicieli NCN. W trakcie spotkania minister zadeklarował niespodziewanie niezadowolenie z funkcjonowania NCN. Ocenił, że oceny grantowe są „skandaliczne”, a podział funduszy „nietransparentny”. Szczególnie mocno ma to być widoczne w naukach społecznych (co sugeruje, że mamy do czynienia z lekko zawoalowanym atakiem na tematy projektów kierowanych do finansowania). Minister stwierdził wprost, że NCN faworyzuje Warszawę i Kraków. Zapowiedział, że szykowana jest nowelizacja Ustawy o Narodowym Centrum Nauki.
Nie jest znana treść nowelizacji (przedstawiciele NCN nie zostali zaproszeni do prac nad nią), ale można sądzić, że wpisze się ona w ciąg posunięć min. Czarnka zmierzających do pełnego podporządkowania instytucji naukowych woli ministra poprzez zacieśnienie rządowej kontroli finansowej nad nauką. Narzędziem, które ma tę zmianę ułatwić, jest wielokrotnie już wykorzystywany w tym celu antyelitaryzm pozwalający na uzyskanie poparcia mniejszych ośrodków akademickich.
W odpowiedzi na krytykę ministra bardzo pozytywnie o działalności NCN wypowiedzieli się rzecznicy prasowi KRASP i PAN. Przewodniczący Rady Głównej Nauki i Szkolnictwa Wyższego, prof. Zbigniew Marciniak odmówił komentowania medialnych wypowiedzi ministra, ale zaznaczył, że Rada w przeszłości wielokrotnie pozytywnie opiniowała działalność NCN. Do głosów w obronie Centrum dołączyła prof. Anna Machnikowska, wiceprzewodnicząca Komitetu Polityki Naukowej, który jest organem pomocniczym przy MEiN.